已经是第二次报考东大的景太郎（上田佑司 配音）又失败了，而他记忆中的青梅竹马此刻或许就在东大里等待着他来完成童年的约定。因此，景太郎的第三次东大征程决定了。由于家人的反对，景太郎忍痛离家出走。景太郎的外婆经营着一家名叫“雏田庄”的旅馆，这就是景太郎此次投奔的目的地，但是他不知道，此时的雏田庄已经成为了女生专用的宿舍，而他的第一次光临，就撞见了一丝不挂的住宿生成奈川奈留（堀江由衣 配音），从而引出了一个有笑有泪的爱情故事。　　在莫名其妙的状况下，景太郎成为了雏田庄的主人，而他所要面对的，是数十个“如狼似虎”的年轻女性。在应付她们的同时，景太郎还要保证自己“东大学生”的伪装不被拆穿，景太郎觉得，他和那个在东大等他的女孩之间的距离似乎越来越远了……

　　供职于西德艾斯勒纪念医院的日本人天马贤三被人称作“天才医生”，他的外科技术精湛，为人谦和，受到同事的羡慕和医患的敬仰。事业上，天马前途一片光明，为院长所看好；爱情上，院长的女儿爱娃与之相恋，如胶似漆。然而看似一切美好的天马却渐渐感到良心上的不安，他亲眼目睹院方为抢救重要人物而置病危的普通人于不顾，死者家属的指责和哭泣让天马备受煎熬。当这种两难抉择再一次到来之时，天马毅然选择抢救一个头部中枪的男孩。他牺牲了自己的事业和爱情，却换来一个可怕怪物的复活。在接下来的岁月里，天马和怪物约翰展开了斗智斗勇的游戏，一段尘封的历史慢慢被揭开……　　本片根据日本漫画家浦泽直树的同名原著改编。

　　故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。　　如今，冒险再度进化……

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。　　接下来，应该在数码世界做些什么才好——　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」　　绝望的迪路兽向大家说到。　　孩子们做出最后决定的时候到了。　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？　　现在，冒险将再一次进化。

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　表面上，高岭清麿（樱井孝宏 配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江 配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。　　在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

　　在外人看来，宫则雪野（榎本温子 配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女孩。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻 配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。